在一個漆黑的夜晚，四處都籠罩著死亡氣息的戰場，到處燃燒著詭異的黑色火焰。這裡幾乎沒有活人，只剩下各種燒焦的屍首，有的人形屍體如同巨人一般，亦有許多普通人類的屍體。
就在這些屍體之中，跪著一個赤裸上身的少年。他身上布滿許多黑色如同符咒般的紋身，手裡緊握著一把斷掉的忍者刀，長及腰間的頭髮隨風散亂飄動。他已耗盡所有力氣，就連哭泣的力氣都沒有了。忽然下起雨來，少年依然跪在那裡一動不動，像是在贖罪。
過了許久，少年終於拿起手中斷掉的忍者刀，做出準備切腹自殺的姿勢。就在他將刀用力刺向自己腹部時，忽然被一個人喝止。
「就這樣死了有意義嗎？」
少年聽到聲音立刻回頭，激動得說不出話來。說話的是一位身穿日本傳統武士服的中年男子，他慢慢跨過那些屍體，來到少年身邊：「告訴我你的想法，零。」
「宮本老師，我違背了諾言使用了禁術。我不想解釋，也不想被原諒。除了切腹，我想不到還有什麼活著的理由。」
「我明白了，零已經死了。」宮本老師拿過零手中的忍者刀隨手扔掉，說道：「你從今天起就叫平宮秀一吧。過去的你已經死了，秀一，今後你要迎來嶄新的人生。」
秀一看著宮本老師問道：「我可以嗎？」
宮本老師笑著拍拍他的頭：「你以後就是我宮本才藏的徒弟了。不過要從清除喪屍這種初級任務開始，你做得到嗎？平宮秀一！」
時間回到二十多年前。
當時的秀一是一個沒有名字的孤兒。他的父母都是出色的「獵人」（一些擁有法術、專門獵殺魔物的人），卻在他出生沒多久後就在任務中身亡。
這個連名字都沒有的孩子，被送進了「獵人」中最神秘的組織「匿名者」的訓練營——伊賀忍者村。這裡是專門培養「匿名者」的地方。
在伊賀忍者村，這個可憐的孩子終於有了第一個名字——零。進入忍者村的孩子，無論原本有沒有名字，都會在這裡重新命名。送來這裡的孩子，不是孤兒就是被遺棄的，身世都很悲慘，所以「零」在這裡和其他孩子並沒有什麼不同。
一開始，零在伊賀忍者村的日子並不好過。他長得瘦小，面容清秀，常被嘲笑「像女人一樣」，因此經常被同學排擠、取笑。後來大家不知為何都開始疏遠他，再加上他性格冷漠孤僻，逐漸被孤立了起來。
「你們誰都不要偷懶，如果被我看到可是會追加處罰的！」
三班教官熊本先生正凶狠地訓導學生。他身材壯實，穿著黑色教官制服，頭戴刻有伊賀圖標的教官帽。
此時三班學生正在進行單手倒立撐。有位身形瘦弱的學生已經滿頭大汗，快要支撐不住了。
班長「峰」小聲鼓勵他：「琅琊，你要堅持住，深呼吸，別去想自己現在有多累。」
班長峰是一位四肢發達、永遠精力充沛的熱血青年。他直立的頭髮、粗濃的眉毛，加上彷彿能噴火的眼神，一看就是正派形象。
一旁的「鷹」是三班最優秀的學生，他譏諷班長道：「峰，你先顧好自己吧，別管別人的閒事。」
鷹高大帥氣，頭髮齊肩，眼神總帶著深邃的神祕感，各項成績都十分出色。三班雖然女生不多，但大部分都對他心生愛慕。
這時琅琊的手臂開始發抖，眼看就要倒下。班長峰竟然單手撐地跳起，移動到琅琊身邊，用自己的腿勾住他：「一定要堅持住，琅琊！你必須燃燒自己所有的力量，千萬不可放棄！我會幫助你的！」
如此大的動作自然被教官熊本先生發現。他從後方一腳將兩人踹倒在地，喝道：「你們感情這麼好，那就一起接受處罰吧！」
鷹笑道：「峰，我早就提醒過你了，不要做無謂的事。你該學學你的好友零，他就在琅琊旁邊都沒有出手幫忙。」
「鷹，你少囉嗦。自己能力強才有資格幫助別人，像你這樣的弱者沒有資格教訓我。」班長把琅琊從地上扶起說道。
鷹聽到自己被說是弱者，立即雙腳落地想過去教訓他，卻被熊本先生擋住。
「看來今天要受罰的人又多一個了！」熊本先生轉身對全班大喊：「時間到！你們可以去休息了。鷹、峰、琅琊留下，繼續補做兩百個！」
鷹露出憎恨的眼神：「峰，你給我記住，我不會放過你的。」
「哈哈，快去做兩百個吧，弱者！不然又要加四百個了。」班長不以為意地笑道。
零並沒有理會他們的爭執，轉身跟著其他人離開。奇怪的是，零雖然是單字名，但他的長相和體型看起來都不像厲害的角色，因此經常有人找他麻煩，不過每次班長峰都會挺身而出。
零其實並不感激班長，反而覺得他有點煩。因為他知道自己要對付那些找麻煩的人，根本是輕而易舉的事。不善於表達的零，在熱血的班長眼中卻成了需要保護的對象。
零隨著大家走回休息室，突然有兩個人擋住了他的去路——毒蛇和奈良，他們可是出了名的惡棍。
毒蛇留著中短髮，大眼睛，總愛伸出舌頭舔自己的嘴唇，臉頰上有一條毒蛇紋身直貫到脖子。奈良是他的跟班，雖然長得高大，但實際戰鬥力平平。
毒蛇笑瞇瞇地說：「這次那可惡的班長可救不了你了。」
奈良也附和道：「快跪地求饒吧，零！不然毒蛇不會放過你的。」
零面無表情地說：「讓開！」
奈良一拳打向零：「你竟敢用這種語氣跟我們說話？」
零淡定地用一隻手擋住攻擊，然後用力按壓奈良的大拇指。奈良痛得立刻癱跪在地。就在這時，後方傳來校長田中先生的聲音：「你們幾個小鬼，不要在這裡打架！」
趁零回頭看校長時，毒蛇狠狠地踹了他一腳，將他踢倒在地。
田中先生走過來說：「你們再敢在這裡胡鬧，就關水房。」
毒蛇和奈良連忙向校長鞠躬：「我們不會了，請校長放心。」說完立刻逃跑。
零從地上爬起，拍拍身上的灰塵，沒有說話。
「零，你不要總是給我惹事。我早就說過不看好你能畢業，不過希望你別死在這裡。」田中先生訓斥完後便轉身離去。
零雖然無辜被罵，卻已經習以為常。他獨自走進休息室，其他同學見到他都紛紛避開。他不知道為什麼大家總是疏遠自己，從有記憶以來就一直是這樣。只有班長峰會主動對他友善。
零坐回自己的座位，閉上雙眼，想在吵鬧的休息室中尋找一絲寧靜。突然，休息室內警鐘大響，這是突發任務的信號。
所有學員立刻衝到窗邊向外張望，只見樹林中竄起一發耀眼的信號彈。緊接著，大家爭先恐後地跑出房間，朝信號彈的方向前進。
零和往常一樣，一進入樹林就先爬上樹，這樣能避開許多地面陷阱。他在樹梢間敏捷穿梭，看見許多同學掉入陷阱，有人被繩子纏住，有人被捕獸夾夾住腳踝。但零並不覺得這些事與自己有關，因為他完全沒有朋友。
就在這時，零突然感覺到危險逼近。他轉頭一看，有人持刀向他攻擊。零條件反射地躲開，跳到另一根樹枝上。這才看清，攻擊他的人正是毒蛇和奈良，他們把吃飯的勺子磨成了小刀。
毒蛇舔了舔嘴角：「零，今天就是你的死期。」
「不要妨礙我完成任務，不然你們會付出代價。」零面無表情地說。
奈良氣急敗壞地喊：「你的語氣給我客氣一點，怪胎！你還搞不清楚狀況嗎？我們真的會殺了你！」
「在這種緊急任務中，死一兩個人是很平常的事。」毒蛇陰險地說。
零重複道：「讓開！」
毒蛇被激怒，大喊：「零，你知道同學為什麼沒人敢接近你嗎？因為你就是一個怪胎！你父親是匿名者的叛徒，要不是你母親求校長留下你，你早就餓死在街頭了！」
「這些都是無聊的傳言，你們有證據嗎？」班長峰這時爬上了零所在的樹枝。
這番話無意中刺激到了零。他對自己父母的事一無所知，突然被人提起，自然想問清楚。零主動問道：「你們聽到的傳聞是什麼？我父母到底是什麼人？」
毒蛇大聲嘲笑：「你這隻怪物還敢問自己父母的事？你配嗎？」
這句話徹底激怒了零，他的眼神透露出殺氣：「你們不說清楚，就把命留下！」
班長峰立刻擋在零前面：「不要相信他們，他們故意激怒你的，讓我來保護你吧。」
但零已經聽不進去了，他用力一推班長：「讓開。」一不小心把班長推下了樹枝。零心裡其實也不好受，畢竟班長算是他唯一的朋友。
奈良在一旁火上加油：「原來小女生也會發火啊！班長，你一直幫他，看看自己什麼下場？他根本沒把你當朋友！」
「少囉嗦，看來你們是不打算說了。」零隨手折下一根堅硬的樹枝，擺出進攻姿勢。
就在雙方即將動手時，樹下突然傳來喝止聲：「住手！你們想幹什麼？」
毒蛇低頭一看，是熊本先生。
但此時零已手持樹枝凌空躍起，高速衝向毒蛇。熊本先生見勢不妙，立刻衝上樹幹，在最接近的位置用力一躍，一手將毒蛇拉到身後，另一手防禦零的攻擊。
沒想到零的爆發力如此驚人，手中的樹枝竟直接插入了熊本先生防禦的左臂。熊本先生狠狠一腳將零踹到地上。
熊本帶著毒蛇和奈良從樹上下來，班長峰立刻上前替零辯護：「這不是零的錯，是毒蛇他們先挑釁的！」
熊本嚴厲地說：「這不是小事！你們竟敢在執行任務時鬥毆，所有人都要受罰。今天不准吃飯，在操場上跑到我滿意為止。至於零，立即關進水房！」
班長還想爭辯，卻被熊本打斷：「你今天別睡覺了，就在操場跑到天亮！」
就這樣，零被帶去了水房。這裡顧名思義是一個充滿水的房間，人只能站立，水幾乎淹到胸口，整個房間只有頭頂一個通氣孔，食物也要從頂部送入。
水房是用來懲罰不聽管教的學員，一般沒有人能撐過三天。零被脫去衣服，浸泡在水中，在這裡他反而感到難得的清淨。沒有人找他麻煩，也沒有人用詭異的眼光看他。
零低頭看著自己身上的黑色紋身。從有記憶以來，這些紋身就一直存在。他摸著這些符咒般的紋身，想起毒蛇說他體內有怪物，父親是叛徒……這一切讓他難以接受。但想到平時同學和師長對他的態度，又不得不懷疑這些可能是真的。
在水房裡只要睡著，就會沉入水中嗆醒。但零居然能站著睡覺，他很快就適應了這裡。
一天夜裡，水房上方的門突然打開，有人喊道：「零，有人要見你，快出來。」
零沿著梯子爬上去，皮膚已被水泡得慘白。穿上衣服後，他被衛兵帶到一個陰暗的房間。房間裡坐著一位頭髮凌亂、身穿日本武士服、不停抽著煙桿的男人。
男人示意零坐在對面，自我介紹道：「我叫宮本才藏，你可以叫我宮本老師。我是這裡的代課教官，別人都叫我地獄教官。」
零沒有說話，只是默默坐下。
宮本老師對他露出微笑。這個微笑讓零心裡微微震動，因為從來沒有教官對他笑過。
宮本老師吸了一口煙問道：「零，你為什麼要襲擊自己的教官？是不是有什麼想不通的事？」零依然沉默。宮本繼續說：「是不是想知道自己的身世？」
零非常震驚，為什麼眼前這個人能看出他心裡的想法？他不自覺地點了點頭：「我的父親真的是匿名者的叛徒嗎？」
宮本老師嚴肅地點頭：「沒錯，他是叛徒，但並不是壞人。」
「你這麼說是什麼意思？」
「你父親在匿名者裡的綽號是『平成』，你母親的綽號是『宮』，沒人知道他們的真實姓名。你父親確實偷走了被列為禁術的忍術捲軸，但他這麼做是為了拯救一個村莊，那裡的村民受到了阿蓮姆的使徒威脅。」
「什麼是阿蓮姆的使徒？」
「那是一種可怕的不死生物，普通人稱之為妖怪。」宮本老師嘆了口氣，「你母親把你託付給田中先生後，也去參加了那場戰鬥。不幸的是，他們最終還是犧牲了，而且並沒有使用禁術。」
零不解地問：「為什麼？他們不是為了取勝才偷走忍術捲軸的嗎？為什麼不使用呢？」
「因為這種法術破壞力實在太大了，會不分敵我毀滅一切，所以才被列為禁術。」
零繼續問道：「那偷走的忍術捲軸有沒有找回來？還有，我身體裡是否真的存在怪物？」
宮本老師笑了笑：「在我回答你之前，先讓我看看你的右手。」
零伸出右手放在桌上。宮本老師看了一眼便說：「你果然是天生的武士，怪不得能用樹枝刺穿熊本的手臂。可惜你現在學的都是忍道，而不是武士道。」
「有區別嗎？」
「忍道講究偷襲、以巧取勝。而武士道注重自身的武藝與技法。如果你不怕辛苦，我可以在你休息的時候指導你。」
零追問：「宮本老師，你還沒有回答我，我身體裡真的有怪物存在嗎？」
宮本老師的表情變得嚴肅起來：「告訴你也可以，但你必須保守這個秘密，並承諾永遠不會使用這股力量。」
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