遠超出人類預期的EVA
在最近的測試中，碇真嗣的同步率越來越高，已經超越明日香，成為第一；可就在這個時候，第十二使徒雷里爾悄然出現在第三新東京市。這是一個非常特別的使徒，它能把AT力場反轉展開，形成直徑680米、厚度3奈米的黑色影子——這就是狄拉克之海，一個可以吞噬一切的虛數空間。
虛數是什麼？虛數是數學幾何上的詞彙，是指實數以外的複數；實數就是有理數與無理數的總稱。虛數是17世紀著名數學家笛卡爾在《幾何學》一書中創造的詞彙。
第十二使徒的本體就藏在狄拉克之海中，而在正常空間中的、布滿斑馬紋的球狀軀體，只是本體的投影。正因為這個使徒特殊，所以就連富士山偵測站也沒有發現它，只是說它突然出現在半空，甚至偵測不到AT力場。
為了對付這個棘手的使徒，美里下令出動三台EVA圍攻，盡可能引誘使徒去市區外。可是，明日香對真嗣在實驗中拿到第一，冷嘲熱諷；真嗣被明日香激起了鬥志，所以決定要做攻擊的主力。最後，他們私下決定由初號機進攻，二號機與零號機掩護。
美里無奈地說，這幾個孩子竟然擅作主張。律子安撫美里：真嗣變得有男子氣概了，不是嗎？
真嗣小心地接近第十二使徒，並且他們在城市中穿梭，還要不時更換電纜。可是，就在真嗣做好準備開始向使徒攻擊時，使徒忽然消失了。
這讓所有人都十分驚訝——其實，大家肉眼所見的使徒，只是本體的投影。就在這個時候，初號機腳下突然出現了一個黑影，這就是狄拉克之海的入口。
真正的狄拉克之海，是英國物理學家保羅·狄拉克提出的真空理論。他提出，一個真空中實際充滿了無限多的負能量粒子態，因而這樣的真空模型被稱作「狄拉克之海」。
狄拉克在這個真空中假想了正電子的存在，它們作為電子的反物質粒子，被認為是狄拉克之海中的一個「洞」；而正電子的存在，則在1932年的實驗中證實。
簡單說，狄拉克之海就是量子真空中負質量的粒子海。儘管人類無法觀測這些粒子，但它們真實存在——哪裡有物質，哪裡就有狄拉克之海。
落入狄拉克之海的初號機，有如進入了沼澤一般，不管怎麼掙扎，都無法逃離；直到初號機被完全吞沒。面對真嗣的呼救，美里什麼也做不了，因為她也不知道眼前發生了什麼。
美里下令讓二號機與零號機即刻救回初號機，可是就連二號機也差點被吞沒，只能叫他們暫時撤離；雖然綾波零依然想繼續救真嗣，但美里用命令逼使她們撤退。
現在，使徒幾乎吞沒了城市的一個區域，而且把初號機的電纜拉出後發現，已經與初號機斷開了連接——也就是說，初號機的活動時間不多了。
這次，似乎讓美里束手無策；聯合國出動了坦克部隊包圍使徒，當然這沒有任何幫助，美里認為這只是對NERV施壓而已。
明日香認為是真嗣自己逞強造成的這個結果，而綾波零不認同，反問明日香：妳是為了別人稱讚才駕駛EVA的嗎？明日香說，她是為了讓自己稱讚自己，才駕駛EVA的。
美里制止了她們的爭吵，但是自己也很徬徨。雖然是真嗣自己要做前鋒的，但畢竟美里才是指揮官——要知道，在碇司令心目中，初號機的重要性。即使犧牲其他EVA，都要保住初號機；幸好這次碇司令不在現場，但是如果自己不能救回初號機的話，恐怕無法與碇司令交代。
現在的真嗣，進入第十二使徒的狄拉克之海中，雷達與聲納都沒有反應，證明這裡很大——一片白茫茫，什麼都看不見。而轉成生命模式的真嗣，已經過了12小時，估計只剩下5-6小時就會死去。
律子那邊終於知道了使徒的位置：祂隱藏在猶如影子的狄拉克之海中。這個虛數空間，有可能與另一個宇宙相連，而空中看似實體的，才是真正的影子。
這裡所說「可以通向另一個宇宙的狄拉克之海」，有些像新劇場版的反宇宙概念，已經不是單單指數學幾何的意思了。
經過律子的分析，所有人感到更加絕望——如果是這樣，根本無法對付第十二使徒。
律子最後想出了一個拯救EVA的方案：用手上所有922顆N2地雷，全部投放至核心；配合剩下兩台EVA的AT力場，這樣可以干擾使徒的虛數電路千分之一秒。在那一瞬間，集體爆炸的威力，可以將使徒與狄拉克之海一併消滅。當然，一切都會以回收EVA為優先，即使初號機受到嚴重損傷。
美里聽到律子竟然不顧駕駛員的死活，忍不住打了律子一巴掌。可律子反駁說，真嗣陷入險境，都是美里指揮的錯誤。
這時，美里追問：為什麼律子與碇源堂都那麼在乎初號機？EVA到底是什麼？律子沒有正面回答，只是接管了美里的指揮權——接下來，就由律子來做部署行動。
這讓美里更加懷疑：第二次衝擊、補完計劃、亞當……一定還有不為人知的秘密。
就在一切都按照律子的指示部署好後，忽然第十二使徒發生了變化。守護著真嗣的初號機，竟然徒手將第十二使徒撕裂——這不僅讓明日香感到震驚，就連律子都感到驚訝；畢竟初號機的電力已經用盡，竟然還可以行動，簡直就是怪物。
這時的美里心裡明白，EVA不僅是第一使徒的複製品那麼簡單。在NERV擊敗所有使徒後，EVA要怎麼處置？
再將EVA回收清洗的時候，律子對碇源堂說，感到自己從來沒有這麼懼怕EVA——也許它們憎恨我們；並告訴碇司令，美里似乎已經知道了些什麼。
碇源堂淡定地回應：「知道了，現在不用處理。」
律子感慨道：「如果綾波零與真嗣知道了EVA的秘密，大概不會原諒我們。」
從這件事後，SEELE感覺到使徒似乎開始想與人類交流，因此想問清楚當事人碇真嗣；可是，美里以真嗣健康為由推託了。碇源堂的意見是，使徒越來越聰明，我們所剩的時間不多了。
充滿懦夫的城市
自從第十二使徒的出現，人類感到了真正的恐慌，所以加緊了新EVA的實驗；可是，EVA四號機在試著加裝S²機關時，發生了嚴重事故。除了四號機，半徑89公里內，包括研究設施，一併消失。
可怕的是，這不是爆炸，而是全部消失；律子認為，有可能被狄拉克之海吞沒。
人類好不容易才掌握了S²機關，沒想到夢想破滅了。正因為四號機的慘狀，正在美國研發的三號機，將交給日本NERV總部接手。
不過，同時律子的模擬插入栓原型也研發成功；但是，人的靈魂無法數位化，所以模擬插入栓只是在模仿駕駛員的思考方法，給EVA發出指令。
而碇源堂的想法是：模擬插入栓要可以騙過EVA，讓它以為有駕駛員的存在，並順利同步，這才是重點。而三號機的啟動實驗用模擬插入栓，實在太危險；所以，律子會從候補名單中選出第四適格者。
城市是人類創造出來的樂園，人類在被逐出伊甸園後，只能逃到與死亡為鄰的世界——這種最脆弱的生物，用所學到的智慧，創造出屬於自己的樂園。
這個人類自己建造的樂園，是為了讓自己免於對死亡的恐懼，以及滿足原始慾望而建造的；而第三新東京市正是如此，一座為了保護自己而建立的武裝城市。
是一座充滿懦夫的城市，是逃避外界敵人的收容所。不過，懦夫活得會比較久，也沒什麼不好。
而在碇源堂眼中，只要第三新東京市與初號機存在，其他都不重要。但SEELE很緊張——畢竟，這些都沒有在《死海文書》中出現。
而美里這邊，她對律子的信任越來越低，而似乎律子也沒有想對她說實話的意圖；所以，美里主動找上了加持良治，想知道些什麼。
加持良治告訴美里：其實馬爾杜克機關根本不存在，所有的一切，都是NERV暗中控制。美里追問：NERV操控，是碇司令嗎？
而加持良治讓美里去調查代號707——這正是真嗣就讀的學校。
在真嗣的同學冬二被叫去校長室後，從校長室傳出了律子的聲音：第四適格者就是冬二。
一開始，三號機的測試非常順利，很快就可以投入實戰；到時候，美里旗下就會擁有四台EVA，如果她想毀滅世界，也是一念之間——美里開玩笑道。
不過，就在插入栓進入正式啟動的一剎那，出現了問題：第十三使徒巴迪爾寄生在三號機上。雖然在圖形上是橙色，不是藍色，但是碇源堂知道，這就是使徒。
在二號機被三號機襲擊、零號機因為冬二有所猶豫也被擊敗後，輪到初號機應戰三號機；可是，當真嗣看到使徒就是EVA時，不願意出手——因為駕駛員還在裡面。碇源堂在了解了真嗣的想法後，立即切斷了駕駛員的同步，用模擬插入栓自動駕駛。很明顯，模擬插入栓的駕駛風格十分激進，為了摧毀敵人，將整部三號機撕爛，並捏碎了插入栓。
最後，鈴原冬二重傷失去左腿，而真嗣知道駕駛員是冬二後，差點要反攻NERV。
創造新的神
當然，經歷了第十三使徒事件後，使得碇父子產生了不可磨滅的裂痕；由於真嗣做出了威脅NERV的行為，被取消了駕駛員的身分。就在真嗣剛剛離開時，第十四使徒塞路爾來襲。
第十四使徒僅僅發動第一次攻擊，就擊穿了NERV的18層防護裝甲。這下子，來不及去地面迎擊使徒，EVA只好去地下都市防禦。
由於零號機被扯斷手臂，所以無法戰鬥；所以，碇源堂讓綾波零去駕駛初號機，可是初號機拒絕啟動——也表示碇唯拒絕了碇源堂的安排。
所以，當第十四使徒進入地下基地時，僅有二號機在此戰鬥。第十四使徒要比想像中還厲害，兩下就解決了二號機；即使綾波零出動駕駛僅有一隻手的零號機，用N2炸彈，依然無法消滅使徒。
就在第十四使徒攻入NERV指揮總部時，真嗣終於回來了；他駕駛著初號機，應戰看似無敵的第十四使徒。這也是第一次使徒侵入NERV總部，讓美里等人親眼見到使徒的威力。
可是，初號機在關鍵時候沒電了——就如同在與第十二使徒作戰的時候，在真嗣受到危險時，其實初號機沒有電、沒有插入栓，同樣都可以戰鬥。
這是因為碇唯，由於唯的靈魂在初號機中，所以每當她見真嗣有危險時，都會保護他。這次當然也不例外，初號機同步率達到了400%；律子知道，這表示唯甦醒了。」
不過，這次初號機不僅殺死了使徒，而且把對方吃掉，用這種方式獲得了S²機關，並破壞了自己拘束器。初號機身上的裝甲，並不是用來防禦的，其實是用來壓制EVA力量的。理論上，無法再控制初號機——祂徹底擺脫了人類。
加持良治自語道：初號機的解放，SEELE一定不會坐視不管；這難道也是劇本中的一幕嗎？
其實，這確實是在碇源堂的計劃之中——當然，這只有冬月與碇司令知道的劇本。冬月問：開始了嗎？碇回答：是的，好戲現在才開始。
從現在開始，碇源堂將開始正式主導人類補完計劃，將實現他與冬月的版本。當然，SEELE感到十分恐慌——很明顯，碇源堂創造了新的神，這並不是SEELE想要的。
所以，SEELE與NERV的鬥爭正式開啟了第一槍：冬月被抓、加持良治到底會站在哪邊，美里又會找到怎樣的真相？請大家看下一章節，最後的使徒——塔布里斯、渚薰。
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