碇源堂與冬月教授已經開始他們有別於SEELE的計畫，並且通過加持良治，碇源堂得到了胚胎化的亞當。
這時的人類已經戰勝了四個使徒，顯然對自己的信心大增，而且現在的NERV也處於前所未有的鼎盛時期，可以說兵強馬壯。
不過，根據與前四個使徒的戰鬥發現，使徒貌似外型與能力各異，除了擁有共同的弱點——也就是核心——之外，其他的無可比性。也就是說，每次都是一個新挑戰。
有人把Walkman與電車相比，說這兩個都是會反覆運行的東西。所以在EVA中多次出現Walkman與電車車廂，這其實是想表達不斷循環的概念，是一種逃避現實的方法，象徵著自己封閉的內心世界。
我之前一直有一個疑問：EVA一離開電源只能運行5分鐘，往往在關鍵時候就沒電了，為何不製作核動力？
如果大家還有印象的話，可能還記得JA吧，就是Jet Alone，是「日本重化學工業共同體」製作的。
它擁有內藏式的核子反應堆，用來對抗使徒的無人駕駛大型機械人武器。
企圖抗衡NERV的EVA。但JA在首度公開面世的開幕禮上失控，差點造成大災難，最後整個計劃也失敗告終。而失控的原因，應該是控制系統事先被NERV的特工暗中破壞所致。
不過，其中赤木博士在JA發佈會的一番對話很有趣，她質疑將一個核子反應堆放在機器人上，不是更危險嗎？
要知道，舊版故事是90年代的產物，所以當時的遠程控制當然遠遠不如現在——現在戰鬥機都是AI智慧的了。不過，確實如果帶著核反應堆作戰，在安全性上有極大隱憂。
就像《鋼彈》系列都是用核動力的，隨意在地球時他們相互不敢擊毀對方。
如果冷卻系統出錯的話，可是有爐心熔毀、核洩漏的風險。
人類的進擊：擔負使命的門徒
就在這時，第七使徒伊斯拉斐爾來襲；可是，上次第五使徒造成的破壞僅僅修復了26%，不過這次提早偵測到使徒，美里派出初號機與二號機阻擋第七使徒從海中登陸。
結果，因為明日香與碇真嗣沒有默契，所以成為了EVA最難看的一次戰果。指揮權立即轉移至聯合國第二部隊，使用N2地雷消滅第七使徒28%的構成物質。
這種程度雖然消滅不了第七使徒，但是可以換來時間。但這次的失利，使得美里焦頭爛額，冬月副司令已經給出了最後警告——還好當時碇司令不在，不然美里很可能保不住飯碗。
正當美里不知如何是好時，律子向美里提出了建議，並且告知美里，其實這是加持良治的方案。這表示，加持良治雖然與美里分手，其實依然有復燃的可能。
美里雖然嘴上不承認，心裡卻對加持良治開始動搖；美里的心思，都被老朋友赤木律子看穿。
按照加持良治的方法，明日香與真嗣經過培訓，使得步伐協調一致，在60秒內解決了第七使徒；不過，最後他們的吵架依然讓大人們感到丟臉。
擊敗第七使徒後，明日香厭煩了等待敵人出現，想主動出擊；美里笑了笑，說要是可以早這麼做了。
可是，就在大家等待下一次使徒攻擊時，突然在淺間山發現了可疑物體。如果找到還在沉睡的使徒，就可以在祂引起破壞前殲滅。
MAGI的判斷，這有一半機率就是使徒；葛城立即去到現場確認。由於奇怪陰影在淺間山裂縫的熔岩深處，所以只能用耐熱的無人機確認。
為了得到明確的答案，美里下令無人機下潛1400米深探測——這超出了無人機的耐壓極限700米，所以造成無人機損毀；但是，得到了珍貴的資料——沒錯，那確實就是一個尚未孵化的使徒。
美里立即請求碇源堂批准A17命令。A17命令就是由人類主動攻擊使徒，一項遵循《死海文書》的SEELE十分擔憂，因為《死海文書》中沒有提及這個情況，並且第二次衝擊就是因為人類主動研究亞當引發的，所以SEELE中有人極力反對這樣冒險的作法。
可是，碇源堂卻認為這是個好機會：人類一直處於被動防禦，終於有機會主動進攻；可基路議長也覺得風險太大。可是，碇源堂讓大家好好考慮清楚，這是一個活生生的使徒樣本——相信所有人都知道這個的重要性。
最後，碇源堂說服了基路議長，同意了A17命令，但絕對不允許失敗。冬月補充道：失敗的話，人類就滅絕了，真的沒問題嗎？
碇源堂只是笑了笑，沒有說話。如果可以成功捕捉到使徒，自己這邊的籌碼將會大增——要趁著SEELE還未發現胚胎化亞當丟失前，拿到對抗SEELE更多的籌碼。
所以，這次的A17計畫，一定要盡可能在不傷害使徒的情況下，活捉回來。如果失敗，就立即殲滅。明日香主動請戰，真嗣協助作戰，零號機則負責留守總部。
這次，明日香需要穿抗高溫戰鬥服；明日香因為戰鬥服太過難看，原本不想出擊，可是在加持良治面前，絕對不可以退縮，而且也不想自己的二號機被第一適格者綾波零駕駛。
就在明日香與真嗣被送到發現未孵化使徒的地點後，明日香駕駛特殊保護的二號機，下潛入淺間山裂縫的熔岩之中。
A17命令一出，就凍結了NERV所有資產；如果失敗，就會迎來人類滅亡。加持良治與神秘人會面時，神秘人問加持為何不想辦法阻止SEELE做出這個決定；不過，加持覺得碇源堂沒有那麼不自量力。
這次，還有聯合國部隊在空中待命；不過，並不是來支援EVA，而是用來做一個保險——萬一EVA失敗，會用N2地雷消滅使徒與EVA。
但是，N2地雷從來就消滅不了使徒，最多也就是炸傷使徒而已。但這依然聽起來很不友好，而且這個命令是碇司令親自發出的。
明日香進入熔岩後，能見度幾乎是0，紅紅的一片什麼都看不到。所以，切換至CT螢幕，這樣能見度也只有120。
可是，這次下潛到1300米後什麼也沒有，所以美里下令繼續下潛；直到1480米已經是極限了，依然什麼都看不到。美里要求繼續下潛，直到找到目標。
在超過極限深度120米的時候，二號機的武器粒子刀掉落，失去了唯一的武器。超過極限深度200米的時候，有人勸美里不可以繼續——這次可不是無人機；可是，美里依然要求繼續下潛。終於，在深度1780米發現了目標；因為雙方都隨著對流在移動，所以捕捉使徒的機會只有一次。
在明日香的努力下，終於開啟電磁柵欄，成功捕捉使徒。
律子問美里，這次戰鬥讓妳很擔心吧。美里回答：稍有差錯，就會重蹈覆轍，明日香的生命會有危險。可律子的意思是第二次衝擊——絕對不可以再次發生。
就在大家都以為任務圓滿告終時，使徒的卵竟然開始孵化，這遠遠超出了律子的預期。使徒的身體越來越大，電磁柵欄已經到達極限；美里立刻下令讓明日香放棄電磁柵欄，準備殲滅使徒。
可是，明日香想起來，自己唯一的武器已經落入熔岩深處；而且，第八使徒桑德楓，在熔岩之中可以迅速移動，就猶如一隻在海中的魚，非常靈活。
美里下令初號機給二號機扔下一把粒子刀；可是，就在明日香拿到武器的同時，第八使徒也已經咬住了二號機的抗高溫戰鬥服。
這讓律子十分驚訝：在這麼高溫的熔岩中，使徒竟然還可以張開嘴，這證明使徒不只是有抗高溫的皮膚，就連內部器官都可以抗高溫。
明日香不管怎麼攻擊，使徒都沒有用，因為第八使徒的皮膚可以承受高溫高壓，所以粒子刀完全派不上用場。就在這時，明日香與真嗣同時想到：用身上的冷凝管插入使徒體內，利用熱脹冷縮原理，消滅了第八使徒。不過，不幸的是，使徒也同時割斷了二號機的纜繩；眼看二號機要墜落下去的時候，初號機出手相救，抓住了二號機。
雖然這次沒有順利得到使徒樣本，但是也算成功消滅了使徒。
無電之城：人類的威脅是人類
第三新東京市的議會已經完全按照MAGI的判斷行事，因為MAGI會絕對參考民意決定各種問題，做到高效節省管理時間，所以這裡也被稱為科學之城。
律子再次測試零號機，進行第二次運轉延長測試。這時的零號機已經從之前的黃色變成了藍色，也象徵著零號機已經逐漸完善。
就在這個時候，整個NERV突然停電；這時的美里，正好與加持良治被困在同一部電梯中。
這次的停電似乎並不尋常：NERV有三套電力系統，同時壞掉的機率非常低。碇源堂認為，與其說是跳電，倒不如說是被人切斷了電源；就連三位駕駛員，也沒辦法回到NERV總部。
冬月擔心，在這時如果使徒來襲就很麻煩；沒想到，就在這個混亂的時刻，第九使徒馬特里爾悄然來襲。
由於這次NERV的斷電，使得通訊也中斷，軍方無法通知NERV使徒的情況。整個第三新東京市都沒有電力，處於癱瘓狀態，而第二新東京市的人已經都撤離。
沒有了電，隨著時間的流逝，感覺大家都越來越熱；就連一貫冷靜的碇司令，也要泡水來降溫。而美里與加持良治在電梯中越來越悶熱，加持良治提議：美里實在太熱，可以脫掉衣服——似乎兩人關係產生了微妙變化。
第三新東京市這座地下城市，就算與外界完全中斷連結，都可以自給自足。律子與碇司令推測，這次停電一定是人為事件，用意可能是為了調查NERV總部結構；所以，律子提議讓MAGI發出偽裝指令，可以混淆調查NERV的人。
NERV總部第一次受到威脅，不是使徒，而是人類——所以，人類最後的敵人，就是人類自己。
還記得我也做過一部關於「沒有電會發生什麼」的劇集，如果有興趣可以去看看：我們的現代都市一旦消失了電力，會發生什麼事情——這比使徒來襲還可怕喔。
這時，走錯路的的三名駕駛員親眼看到，第九使徒已經來到了第三新東京市；而碇司令把指揮權交給冬月，自己親自去指揮如何手動啟動EVA。
雖然在大家的努力下，似乎做好了啟動EVA的準備；可是，現在駕駛員仍然沒有下落，不過律子對三名駕駛員很有信心，他們一定可以趕到。
在明日香屢次帶錯路後，綾波零主動帶大家前進；經過狹窄的通風口，終於來到EVA停放的地方。碇源堂立即下令手動打開插入栓艙門——雖然沒有電，但碇司令團結大家，用手動方式依然做好了出擊的準備。
在緊急柴油引擎的幫助下，成功將駕駛艙插入，並強行解除EVA固定器；不過，三台EVA出擊的方式有些不那麼優雅，但不管怎樣，這是NERV第一次同時出擊三台EVA的歷史時刻。
可是，第九使徒準備使用強力溶劑入侵總部，正好擋住了EVA出擊的位置；並且，真嗣他們為了躲避溶液，步槍與電池都掉落——可以說，還有不到三分鐘，他們就不能行動了。
這時，明日香提出戰鬥方案：由自己用身體擋住溶液，綾波零去下面拿回步槍，然後交給真嗣負責射擊消滅使徒。按照這個方法，果然消滅了第九使徒。消滅使徒不久，NERV終於來電了；被困在電梯裡、狼狽的美里與加持良治，最終被律子所救。
如果沒有人造燈光，星空看起來多麼明亮；人類畏懼黑暗，所以用光來消滅黑暗——這就是人類與其他生物不同的地方。其他生物會適應世界生存，而人類是改變世界來適應自己。
傲慢與贖罪：被造者用科學造神
第九使徒消滅後，碇司令與冬月副司令再次去往南極考察。在2000年的第二次衝擊後，這裡已經變成了一個沒有生命可以存活的死亡世界，而只有人類可以出現在這裡。
這是因為人類的科學力量；可是，也正是這種傲慢的觀念，才會引發15年前悲劇的第二次衝擊，結果就是現在的樣子——人類受到的懲罰，實在太大了。
碇源堂認為，這樣人類的原罪已經消失，世界被淨化。但是冬月覺得，即使人類世界充滿罪惡，他依然期待有人類生活的世界。
這裡可以看出，碇源堂與冬月思想的差異：碇源堂是追求純淨淨土的原教旨主義，消除人類原罪、淨化世界，從而人類整合所有心靈成為神——這就是人類補完計劃。而冬月雖然知道人類充滿了罪惡、欺詐，但依然留戀著人類世界，也就是尊重個體、人權的世界。
就在這時，第十使徒薩哈魁爾，從印度洋上空近地衛星軌道來襲；使徒自行修正了軌道後，很明顯攻擊目標就是NERV。
這時，使徒放出干擾，使得無法聯絡在南極的碇源堂；所以，葛城美里變成NERV指揮官，而MAGI的建議是立即撤離。美里在做好撤離並備份了MAGI的前提下，用三架EVA做出最後的抵抗。在美里大膽的決策下，三架EVA完美的合作，殲滅了第十使徒。
雖然成功戰勝使徒，可是使得三台EVA受損嚴重；這次，不但是葛城美里得到了碇司令的嘉獎，對真嗣也做出了肯定。
為了了解不借助戰鬥服，人體皮膚對諧波的狀況，所以真嗣、綾波零與明日香三人需要全裸進入插入栓做實驗。這樣是為了收集駕駛員的數據，讓MAGI來模擬駕駛員，也就是在研發可無人駕駛的插入栓。
可是，就在這個時候，第十一使徒伊洛爾已經悄然侵入了NERV總部，甚至一度想潛入MAGI。而碇司令立即下令，將EVA全數發射出基地——尤其要保護初號機，即使犧牲其餘兩台EVA與地下都市，都沒有關係。
第十一使徒侵入MAGI後，立即提出自爆提議；律子在最後一秒解決了入侵，消滅了第十一使徒。這也是人類唯一一次沒有依靠EVA，殲滅了使徒；也正是這次使徒的入侵，影響了加持良治的任務，他似乎在調查NERV的秘密。
加持良治：真正的愛與秘密
當然，其實碇源堂早已知道加持良治的事情；但是，由於SEELE的基路議長緊逼人類補完計劃的進度，使得碇源堂沒有時間理會他——再說，他與馬爾杜克機關還有些利用價值。
亞當的計劃、模擬插入栓都很順利，但SEELE最看重的人類補完計劃有所拖延。可是，所有計劃一環扣一環，碇源堂認為不會有問題。可是，當冬月副司令問到綾波零的問題時，碇司令沉默，似乎不想討論這個話題。
這時的加持良治，依然在調查真相；他去往了位於京都的夏儂生化——一家與馬爾杜克機關相關企業；可是，到達那裡，似乎是一個完全空置的建築。
加持良治與「接頭人」見面，得知夏儂生化是一家外資企業，九年前成立，但是一直是空的。馬爾杜克機關有108家關聯企業，其中106家都是空殼公司。而這家公司的董事名稱，有碇源堂、冬月耕造和基路洛倫茲等等，這些人都是加持良治熟悉的人物。
加持告知接頭人：馬爾杜克機關是人類補完委員會旗下直屬的資訊機構，為了尋找人類駕駛員而成立的；不過，組織的真面目一直是個謎。
「接頭人」警告加持：他的任務是調查NERV，不要多此一舉調查馬爾杜克機關。
再一次聚會中，美里不勝酒力，由加持良治送她回家；美里說出了之前突然與加持良治分手的原因——其實並不是她有了其他人，而是覺得加持越來越像自己父親。
美里認為，自己是在其他男人身上，尋找自己父親的影子，這讓美里感到害怕；她憎恨父親，卻在尋找像父親的男人。為了躲避這種感覺，她拋下一切，加入了NERV——雖然這是父親曾經工作的組織。
美里越來越感到，自己與真嗣一樣，都在逃避——逃避自己父親的束縛。就在美里越來越激動時，加持良治給了美里一個深情的吻，安慰了那膽怯、敏感的心靈。
次日，加持良治終於想辦法去到了NERV的最核心區域「終極教條」；就在他準備開啟終極教條的門時，忽然發現自己身後有人用槍指住了自己。
很快，加持發現，原來自己身後的竟然是美里；美里質問加持暗中調查NERV的行為，是真正的工作，還是兼職？加持良治屬於NERV特殊監察部，但是他同時也是日本政府內務省調查部成員——這一切，美里調查得一清二楚。
美里警告加持：再繼續這份兼職，是會喪命的；可加持並不慌張，因為自己對碇司令來說還有利用價值，現在自己很安全。唯一感到抱歉的，是對美里隱瞞了真相。
不過，加持告訴美里：「碇司令與律子對妳，也有隱瞞。」同一時間，加持良治用自己手中偽造的ID卡，開啟了「終極教條」的大門；當大門打開，這讓美里感到十分震驚。在「終極教條」區裡，有一個白色的龐然大物，被釘在十字架上，胸口還插著一把巨大的紅色朗基努斯之槍，臉上帶著NERV的七眼面具。
是EVA？不可能，這讓美里聯想到第二次衝擊時的光之巨人。加持良治解釋：「這是第二次衝擊之後的關鍵，也是一切的開端——亞當。」
美里不敢相信：亞當，也就是第一使徒，竟然會出現在NERV；或許，NERV的確沒有想像中單純。也就是這件事，開始引發了美里要調查NERV真相的好奇心，勢必要找出碇源堂與SEELE真正的目的。
當然，其實美里與加持看到的亞當，並不是真正的亞當；這一切的謊言，到底是為了什麼？使徒已經開始對人類心靈產生興趣，人類所剩時間不多了。歡迎繼續看下一章碇源堂如何創造新的神。
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