顯道十七年，寄居地球華夏帝國的外星人開普勒星人透過建立太空站，促成地球各國與外星人發展太空貿易。開普勒星人杰娜女皇視之為自己的政績，以及送給她的愛人華夏帝國女皇譚傑靈的厚禮，但卻遭到其他外星人警告，指地球人貿然接觸其他外星人，或會增加爆發傳染病的風險。果然，不出所料，太空站果然爆發不明的傳染病，由SPACE-19希毒引發的「太空瘟疫」；包括杰娜後宮妃嬪在內的地球人和開普勒星人紛紛染病，有無病徵，有的輕微發燒、咳嗽後自行痊癒，有的卻重症昏迷甚至死亡。開普勒星人成為眾矢之的，被人類批評為「病毒來源」，邪教亦乘機散佈「開普勒星 人製造病毒侵略地球」的陰謀論；杰娜為了挽回人類的信任，決心防疫。
傑靈和杰娜分別命令自己的太醫蔡采文以及開普勒星人御醫赫爾塔，成立醫學小組，研究應對策略。但二人馬上就捲入黨爭之中。除了華夏帝國朝廷對開普勒朝廷的官員抱有懷疑之外，醫學團隊亦因為醫方問題而起了紛爭。西醫利爾雅與韓醫許俊水火相容，各不相讓，又在傳媒鏡頭前胡言亂語，引起社會恐慌。
雖然傑靈責成華夏朝廷全力防疫，但武官出身的首相高倩影卻對采文和赫爾塔這些科學家極不信任，更因為傑靈信任采文而感到妒忌。因此，倩影的內閣對采文的科學團隊不但未有提供充分支持，反而煽動利爾雅在太醫院裡進行權鬥，更隱暪軍中爆發太空瘟疫。為了避免華夏朝廷內權鬥影響防疫，傑靈索性要求防疫小組改由開普勒朝廷首相艾莉皇妃統領；這反而進一步挑起兩朝廷內閣之衝突，亦進一步加劇民間對開普勒星人的反感。
與此同時，傑靈懷疑病毒並非源自太空，而是與倩影多年前強行解散的「漢口實驗室」有關，因而派四大侍衛——劉莉莎、文本德、上原志美和巴里杜邦調查。發現漢口實驗室人員不少皆為開普勒星人而非人類，更懷疑他們已滲透太醫院，於是就對開普勒星人進行調查；但消息卻遭到洩露，反而加深民間抹黑「開普勒星人製造病毒」的陰謀論，令民間仇恨外星人情緒進一步高漲。
疫情進一步擴散，大量人民染病，病死者甚眾，死亡率急升，九龍府封關，停課，百業蕭條，民不聊生。倩影內閣主張全國戒嚴，想乘機加強監控臣民，卻遭到傑靈決絕；傑靈接納采文和赫爾塔提議的「溫和指施」，在大齋期四十日內規勸臣民留家。正當太醫院研究團隊在藥物臨床測試時取得突破進展時，病毒竟然突然變種，甚至皇宮內出現疫情爆發，大批皇室染病，甚至連傑靈和杰娜的子女也不得幸免⋯⋯
到底傑靈和杰娜如何帶領人類與開普勒星人克服太空瘟疫的危機？采文與赫爾塔能否成功研製出藥物根治太空瘟呢？四大侍衛又能否找出製作病毒的元兇呢？到底是誰，為了甚麼目的，要製造這場瘟疫害人？
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