在十年前，隨著人類的資訊科技越趨發達，玄學味十足的神隱事件依然發生。同時，一些神秘生物的踪跡亦被發現。
在人們都為間歇發生的神隱事件弄得人心惶惶時，政府秘密進行一場實驗。相關部門已經追查了這些事件一段時間，並認為這與一個只存在於理論與傳聞的概念相關——數碼世界。
根據調查人員的報告，在駭客的世界流傳著一個傳說——有個狂人為了研究生命，創造了一個模擬生命演化的系統，並放在網絡中，利用各大服務器及數據中心的資源去喂養這個系統，而這系統亦催生了一種全新的生命體——數位生命數碼獸，亦是神秘生物的真身，以及他們所棲息的數碼世界。
而這亦在拉普拉斯研發出初代的Wonderland後得以證實——視覺化後的網絡世界充斥著無數類似恐龍、野獸的物種，亦有被駭客改裝過的生化型數碼獸。但這只是網絡世界較為淺層的地方而已。數碼世界被駭客們認為存在於網絡最深層，一個如同仙境的地方，並打算找到它。
只是過了這麼多年，駭客仍未能夠確定數碼世界的確實位置。直到拉普拉斯向政府發表他們暗中研究的成果——那是一臺能夠把人類直接傳送到數碼世界的裝置。
儘管對於他們研究成果半信半疑，為了調查神秘的神隱事件，政府還是組織人手去使用系統進行調查。這是探索隊的起源。
當時仍是現役軍人的黑木隆也正是其中一員，他是作為調查員的護衛參與這個項目。他亦在當時認識未希的父親元一郎，以及他的助手雪村百合香，兩人都是在拉普拉斯任職。作為研究棲息於網絡當中的數碼獸。
在確認好糧食及武裝等等必須的物資準備齊全後，他們就穿過傳送裝置所建構的傳送門，並到達了數碼世界。
映入眼簾的是一座茵綠的森林，團隊中最年輕的百合香更是為當地環境興奮地大叫，若非元一郎及時拉住她，她恐怕會是最先走失的一個。
「記住，我們現在身處一個未知的世界。這裡的居民可能與網絡裡的數碼獸一樣具備一定危險性。」元一郎耐心教導著百合香。這讓隆也覺得百合香比起是元一郎的助手，更似是他的學生。
「說不定會有跟噗尼獸這種小可愛相似的傢伙嘛！」百合香嘟起嘴，更讓人覺得她只是個在元一郎手下實習的學生。
在一陣閒聊後，大夥就決定先找個地方紮營再作打算。因此眾人在當時的隊長指示下分組，元一郎與百合香還有一名隊員前去尋找適合紮營的地點，隆心木與他的隊友們一同尋找食物。
而這亦是噩夢的開端。
隆也與他的同伴在森林中搜索糧食，期間感受到震動，這種程度的震動簡直就似有比大象更巨大的生物在附近遊盪，這使他們都躲在樹蔭下進行觀察。
一隻體型比大象及平房都更巨大的恐龍型數碼獸從樹林現身，似乎是在尋找食物的樣子。
看樣子似乎沒有發現這個世界來了些外來人……正當隆也等人如此想時，他們聽到有人踩踏於樹枝的聲音，那是一群渾身綠皮膚、活似奇幻故事中哥布林的生物。其中一個高大的哥布林野人——奧加獸看見人類更是指揮他手下的野人獸攻擊他們。
出於自衛，隆也與他的隊員開始持槍反擊。豈料因為戰鬥的聲響驚動到附近的大角獸，使他咆哮著，連帶引來其他數碼獸群。
感受到大量數碼獸正前來，奧加獸率領著野人獸們離開，很快其他數碼獸群似是被甚麼驅趕一樣朝他們衝過去，他們奮力散開才未至於被恐龍型數碼獸活活踩死。
但很快他們就見到恐龍獸之所以會這麼懼怕的原因——一隻長相恐怖、軀體被蛋殼所覆蓋的怪物從森林裡緩緩地走出來。一看見隆也等人，就吐出黑霧。
看那黑霧散發著不祥氣息，隆也與他的隊友立即逃跑，並親眼目睹接觸到這霧氣的存在是如何化整為零。
見識到這黑霧，還有它的主人的危險性，其中一位隊員從袋裡拿出手榴彈，拉出拔環後便往怪物一扔引發爆炸。
不過要是人類的武器能傷倒數碼獸，都不會後來隆也為向數碼世界報復而製造出零號數碼兵器並企圖摧毀數碼世界了。
在手榴彈爆發的煙霧散去，怪物伸手過來，一把抓住隆也的隊友，企圖把他塞到嘴裡。隆也與餘下的隊友為救他開始向怪物傾瀉彈藥。但在怪物的蛋殼面前沒有用處。
他們只能眼睜睜地看著怪物把他們的隊友生吞，隆也與他的隊友親眼見證著那位倒楣的隊員如何被怪物塞到嘴裡，傾聽著那人淒慘的叫聲，身體亦慢慢化作怪物的一部份消失掉。
見證著這對子彈不痛不癢、被手榴彈轟炸亦毫髮無損的怪物，隆也與他的隊友立即拔腿逃跑，放棄繼續拯救那位隊員。
聽到這裡，可能會覺得只要找出那怪物再把他殺死不就行了嗎？幹嘛要把整個數碼世界都摧毀，間接把兩個世界都拖下水？因為這只是開端而已。他們不斷逃跑，直到看見與百合香、元一郎一同行動的隊員所發出的訊號彈，他們頓時深感不妙——說不定這怪物會被他們引過來，要找人引開他。
正當隆也在猶豫該由誰去引開怪物時，他的隊友把自己的軍用名牌交給他：「你還有弟弟等你回去，對嗎？代我向他問好。」
說罷便回頭，絲毫不等隆也的挽留。
你還有妻女等著你啊！
隆也卻因恐懼而只能把話吞下去，只管朝著訊號彈方向奔去，並告知其他人這裡有危險生物，要等待救援。
不過可惜的是，當他到達後，只見整個營地都變得一團糟，百合香、元一郎及其他隊員不知所蹤。
認為他們遭遇不測的隆也試圖透過拉普拉斯製造的通訊器聯絡現實世界的人，但是那通訊器除了只會「沙沙」作響外，沒有半點用處。
「該死！」他氣餒地扔掉通訊器，便離開營地，試圖獨自一人生存並等待獲救的一刻。
後來他重遇隊員，並得知營地那裡同樣遭遇襲擊，元一郎與百合香亦在混亂當中走散。
在見識到那怪物的可怕，隆也主張他們已經被當地生物殺害並試圖回到現實世界。只是在這之前，他們屢次失去隊員：
有時是因為水源短缺而試圖從數碼世界的湖中取水，豈料是水蛇獸的巢穴，因而被劇毒活活毒死。
他們亦曾遭遇亞爾戈獸，並倒楣地被他綑綁、絞殺，因而又失去同伴。
他們更曾遇過有著「深邃森林的惡魔」這別稱的究極古加獸，無數隊員死在他的大顎下，而隆也的腳亦是被他所剪斷。
這一切一切都造成了他揮之不去的陰影，就似在責怪自己的軟弱無力，他開始研究數碼獸，企圖對他們復仇。
而導致這一切更嚴重的是元一郎生還並平安回到現實世界。
縱使元一郎根本沒有說甚麼，亦沒有抱怨隆也等隊員置他與百合香的安危於不顧。他回到現實世界後不久，就回家與孩子一同生活了一會兒後，便回到數碼世界了。
但在隆也眼中，元一郎的回歸就似在怪責他一樣。就似在提醒他丟棄了隊友獨活下去，這讓他更痴迷於開發數碼兵器就為了要向奪走他的隊友的世界復仇。
但說到底，他只想掩飾自己的恐懼與軟弱罷了。
數碼暴龍圖鑑
普尼獸
等級：幼年期Ⅰ92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡZpNUHktApI
類型：軟泥型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡRPNCwudGFE
屬性：-
初代動畫的粉絲們應該或多或少有見過這傢伙，因為這傢伙是可以進化成大和的搭檔加布獸。不過這模樣大多都無法說話，就似一隻幼小的嬰兒一樣。
而這小可愛之所以會被百合香叫作噗尼獸，最主要是因為他那看來軟軟的外表，再加上她認為這樣會比較可愛一些。
大角獸
等級：成熟期92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡ8HtB0th3cK
類型：恐龍型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡf6rc7Zt3dp
屬性：病毒種
認真說，這傢伙我都不太熟悉，就見他是恐龍就挪來用了。況且……我沒有印象在遊戲或動畫見過，就當是讓人認識一下他吧！(不過當然請到官網等等去找圖鑑看吧。)
野人獸
等級：成長期92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡAm2Wh4KamU
類型：鬼人型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡMGl7dnDaI9
屬性：病毒種
奧加獸
等級：成熟期92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡQxbejSCwY3
類型：鬼人型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡPzxkseb9XA
屬性：病毒種
相信奧加獸有看過初代動畫及重製的人們都認識了，他可說是反英雄氣息濃厚的傢伙。據說他與獅子獸是宿敵。初代中最後都是與孩子們站到同一陣線。至於重製版則是敵人，因為自豪的大角被暴龍獸打斷而要執意打倒他與太一，結果被上司派出鋼鐵巨龍獸介入，因而留下阻擋並為太一指引方向後壯烈犧牲了，後來再度出現的叛逆獸感覺似是他的進化來，畢竟都是青BB的。
至於野人獸就是奧加獸的低階型態，你就把奧加獸當作狼群首領的地位就好了。
惡魔蛋蛋獸
等級：究極體92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡovbmGJ5dkv
類型：突然變異型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡhbFiYr6cnY
屬性：數據種
對……隆也他們一來到就遇見這隻一看就知道不好惹的傢伙。他是在官方繪畫比賽中轉正的設計之一，在《幽靈遊戲》中安哥拉獸的好友蛋蛋獸可以進化成他。是一隻終極邪惡的蛋蛋，存在只為破壞，亦遵循於殺戮本能的可怕傢伙。
雖然在NDS有這傢伙登場，但是我不多用他，一來顏值問題，二來我當時不太喜歡這種設計的數碼獸。但是長大後開始這種設計不知為何開始對味……
不過既然有惡魔蛋蛋，會不會有一天設計一隻天使蛋蛋呢🤣
水蛇獸
等級：究極體92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡRcOYiTEYOs
類型：植物型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡO1es0lZPFk
屬性：病毒種
亞爾戈獸
等級：究極體92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡyDlMmpkYZ4
類型：突然變異型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡVdFmlQ47fY
屬性：病毒種
究極古加獸
等級：究極體92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡPSq2U2ze5R
類型：昆蟲型92Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡuAx9Q5WBpk
屬性：自由
水蛇獸這傢伙印象中是從未在動畫中出現過的，總之就是一隻有毒的傢伙。亞爾戈獸的話只要是看過初代重製動畫就會認識他的。他亦有成長期、成熟期等等型態，但他在動畫最早登場其實是在《拯救隊》那超級短的劇場版，並且被閃光暴龍獸爆裂型態打爆了。
最後是究極古加獸，原本在怪獸對打機中作為飛蟲獸與V仔獸EX另一個聯展進化型態恐蜂獸的究極體設計。但比起恐蜂獸，更似古加獸，因此就成為了古加獸的究極體同時不是病毒種而是自由種了。
對，隆也他們有夠衰小。三番四次的遇到兇惡的究極體，還要被究極古加獸剪斷腳。
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