儘管對策組已經被隆也所率領的自衛隊對數碼獸兵器實驗部門所取締並強制解散，原本的成員依然發揮著功能。
在實驗部門試圖壓制輿論帶來的影響時，越來越多對政府及實驗部門不利的傳聞及相關證據在各大社交網絡流出，使法案無了期的延後，政府亦只好釋出關於數碼獸的資訊，讓民眾知道這電子生命體都是有生命的活物。
至那之後，人們開始認知到在網絡深處有著這種生命體存在，亦認知到自己所認為的電子寵物並非電子寵物，而是生命——會為生存跟同類打鬥，亦能像人類一樣發展出自己文明及社會的智慧生命體。
這亦再度掀起差點因法案而短暫式微的數碼獸風潮——成年人們開始以讓數碼獸居住於服務器及餵食數據為條件，讓他們為自己工作；孩子們繼續育成數碼獸，並利用他們來跟同輩互相競技；青少年們互相向朋輩炫耀自己的搭檔，甚至以此為話題，男生繼續跟同輩競技、女生們為自己的搭檔裝扮。一切都看似美好。
真由子在東京上學，現時是個國中生。搭檔為一隻在某個下雨的夜晚遇上的管狐獸。
當時只是見到一隻奇怪生物在下雨天淋雨會感冒，所以帶了他回家，然後他就自作主張的住下，真由子亦沒有說甚麼。只是任由他愛鑽進書包就把他一同帶回校，他亦安份地不亂說話、惹人注目。兩人一直過著既不親密，但又莫名其妙地互相有默契的生活。
今天亦是這樣——真由子在下課後，就收拾東西預備前往補習班，結果就被幾個女生圍在桌子週邊。
又來了——真由子厭煩地想。
「吶，吶，真由子醬，你待會要去補習班嗎？不如翹課吧！那裡很悶呢！」其中一個女生自說自話，真由子依舊沒有理會，只顧繼續收拾。
「喂呀！理睬一下人家好不好？」那名女生一手按下書包的袋口，妨礙真由子繼續執拾。只見真由子一手把書包搶回，把補習班要用的書本塞進去後就跑掉了。
「真的很冷淡呢！不管如何親近都是這樣子！」那女生氣鼓鼓地說。
在路上，真由子打開書包，見管狐獸從中探頭出來，就問：「沒事嗎？她沒有弄傷你嗎？」
「沒事，但是你的手機不斷震動，讓我差點睡著而已。」聽管狐獸這麼一說，真由子就伸手到書包，想要拿出手機，管狐獸已經幫她拿出手機了。
手機內的訊息無非是群組中的虎太不斷約人去鍛練。
是的，在古書店認識後，真由子在管狐獸跟虎太的半推半就下交換了聯絡方式。儘管會參加會議，她對於守護世界這種重大責任沒有太大興趣。
只是從劍司那裡聽說一個名為皇家騎士團的組織會把跟人類一同生活的數碼獸消滅掉，光憑這一點就讓她有理由幫助虎太他們，因為她不想跟管狐獸分別。
真由子家境跟小櫻雷同，父親都是作為企業家管理企業，只是雙親離異了。父親很快就再婚並且誕下弟弟，這讓她覺得大概在父親心中，不論是愛人或是子女都是可以隨便替代。
同時，她亦在無意中得知，自己的所謂朋友其實都只是因為對方的家長們所指示而已，為要取悅她與父親，這讓她更加無法相信任何人。
就在這時候，她跟管狐獸相遇了。這全身雪白、身體既細小又修長的奇怪生物就似家裡不允許飼養的貓咪一樣性情難以觸摸。唯一跟其他人不同的是他往往有話直說，完全不在乎對方身份。這讓她感到自己終於得到屬於自己的牽絆。
為了守護這只屬於自己、獨一無二的牽絆，她願意投身於戰鬥當中，只是在這之先，她仍然要顧好自己的日常生活。
不似小學生，身為國中生的她開始要為該繼續升學還是到工業學校就讀苦惱。
她不要走她父親為她安排的路，她想要離開那個家獨立生活。為此她花了相當長的時間去補習，為了能夠在將來擺脫父親、掌握自己的生活。
只是即使她不主動找上戰鬥，戰鬥都會找上她。
夜晚，真由子補習完了，並從提供補習的教育中心拿到不少升學資料。正滿心歡喜地想拿回家裡慢慢翻閱時，管狐獸鑽出頭來：「抱歉要掃你興，但是我們好像被跟蹤了。」
「是數碼獸嗎？」
「嗯。」管狐獸一點頭，就被真由子塞回袋中。她開始驚慌地東張西望，然後開始混入人群中，試圖甩掉跟蹤者。
不過很可惜，這是徒勞的。數碼獸之間能互相感應到彼此，亦會互相吸引。對方或者是認為人多不好下手，所以一直不現身。直到真由子以為安全了，上鐵路回到自己所居住的八王子區那裡，對方才現身。
「哼哼哼哼……沒想到來到這裡後，竟能找到神聖數碼獸。那就讓我拿來當作伴手禮給莉莉絲獸大人吧！」那陰沉、極具磁性的聲線彷彿在真由子耳邊響起。她轉身，就看見一個身材瘦削高佻、翅膀破爛的人型生物對她伸出魔爪。把真由子推倒之餘，劃破她的衣裳。
「啊啊啊！」
「真由子！你沒事吧？」聽到真由子慘叫並感受到她跌倒的震動的管狐獸頓時關切地問道。完全失去往日平靜，並從她的袋鑽出來，為要從對方手心保護她。
「呵！沒想到是體型最細小的類型，不過沒所謂，就當作茶餘飯後的狩獵活動吧！」人型生物奸險地笑了，然後又再伸手，強大的邪惡氣息從手裡釋出，把管狐獸轟飛。
「管狐獸！」真由子飛撲似的接住他。受到屬性剋制的管狐獸被這黑暗力量擊飛後已經身受重傷，但他仍然勉強自己繼續戰鬥。
「你先跑，我來拖住他。」管狐獸想要起來，但被真由子緊緊抱住：「不行！他的目標是你！我不能讓他從我身邊把你奪走！」
「哎呀呀！這友情真美好！就讓我來送你們一程吧！」那人型生物陰險地笑著說，抬手就要把二人擊殺，但是就似是讓他們表情再絕望一點一樣只打到他們身邊，並觀賞著二人慢慢陷入絕望的表情。
就在這危機時刻，真由子靈機一動，想起之前綺月跟花拉獸透過未希給予的數碼獸應用來化解危機。她拿出手機，果然它正顯示著一句話：
你願意為守護朋友而戰嗎？[Y/N]
「這是當然啊！我不會眼睜睜讓管狐獸被不知名的數碼獸殺死！要是你能讓我們有反擊的力量，就算要獻出生命都在所不惜！」真由子怒吼著自己的答覆後，程式自動當她的答案是代表肯定的Y，並且自動把管狐獸登錄為搭檔。
然後暴龍機應用顯示下一句：
執行進化程序，這會消耗裝置電力，不足的部份將會從用家獲取。
很快介面就開始顯示進度條，管狐獸的身軀都發生了變化——從原本可以充當圍巾圍在真由子的體型，變到跟大型狗隻一樣的大小；外表都從原本的雪白毛髮變成淺啡色、面上戴著狐狸面具的生物，尾巴更是化成鐮刀。此為裂波獸。
看見對方的變化，人型生物不但不慌，更是驚歎起來：「噢！這友情真美妙，真讓人想要消滅它！」
他的臉龐從原本的感動化為狡詐的笑容，並伸出雙手，想要加害二人，但被裂波獸以尾巴的鐮刀斬碎。然後再朝臉甩出一發風刃，頓時爆出煙霧。煙霧散去後，對方已經不見了。裂波獸亦退化為管狐獸，真由子亦因危機解除而雙腳癱軟在地。
管狐獸想要關心真由子，但無奈身上的傷太重而倒下。真由子見到馬上振作起來，把他抱在懷中。
她見對方消失得無影無蹤未敢放心下來：果然那群人是對的。不只皇家騎士，就連惡魔都來了。既然如此，更加要為了守護這重要的夥伴努力才行。
在位於拉普拉斯企業大樓最頂層的絕密研究部門，一名臉容憔悴的科學家正在調試一個巨大裝置。他接駁好電纜、設定好數值後，該裝置開始運轉，並發出低鳴。
該裝置從前方空間撕裂出一道縫隙，從縫隙過來的便是跟麗莎夫人——即莉莉絲獸通過話的巴魯巴獸。
巴魯巴獸活動一下身體，就對科學家微笑：「謝謝總司你的協助，這樣就可以開始我們的大計了。」
「只要能讓迷失在你們世界之中的美惠子回來，就算要毀滅世界都在所不惜。」那位科學家眼裡滿是瘋狂地說。這更讓巴魯巴獸興奮地笑了。
然後麗莎夫人就來了，她見到巴魯巴獸，眼裡滿是妒忌。她身後亦帶著剛才襲擊真由子的數碼獸——惡魔獸。
「噢，你來了！」巴魯巴獸看見惡魔獸就張開雙手歡迎。
「不好意思，要自行穿到這邊來就只能壓縮自己、以這副模樣見人。剛剛來到，碰巧見到神聖數碼獸，就打算抓一隻來當伴手禮，卻沒想到對方進化並斬掉雙手。」惡魔獸舉起失去雙手的雙肩以證實自己所言非虛。
「反正這只是因為你無法以完整形態來到這裡而已，趁大門仍然開啟，來從中吸夠數碼能量恢復吧！」巴魯巴獸吩咐。惡魔獸亦聽話照做，很快他的外形又再發生變化。
原本破爛的翅膀變成一件黑色外衣，身形變得高大，除了原先那修長的手外，還有以黑暗力量凝聚而成的手臂。頭頂的雙角亦變得雄偉無比。
「哎呀！這樣舒服多了！」外形變化得更邪惡的惡魔獸扭動頸項、舒展一下由黑暗力量形成的手臂說道。
「所以，我們下一步該怎麼辦？」
「按騎士們的說法，他們其中一個機構封存了一大群超惡魔獸，把他們都放出來。我要讓這世上的人陷入恐慌，再加上這數碼大門，我們離征服世界不遠了！」巴魯巴獸狡詐地說，並開始奸笑起來，惡魔獸亦開始跟著巴魯巴獸瘋狂大笑。
兩個世界的命運在此開始加速……
數碼獸圖鑑
裂波獸/鐮鼬獸
等級：成熟期97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡSAQrlnMviN
類型：聖獸型97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡMS6pwOEV84
屬性：疫苗種
管狐獸有進化了。儘管都是跟著動畫版及遊戲常見的進化路線，裂波獸是按英文音譯，另一個名才是官方中文，但叫慣裂波獸就隨他吧。他會不會進化到究極體呢？拭目以待！
惡魔獸
等級：成熟期97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡsKQ5y7LsnF
類型：墮天使型97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡPjuovTmwQf
屬性：病毒種
經典大反派惡魔獸登場了！雖然沒有怎麼看過初代，但他的名聲幾乎傳得街知巷聞！而且這個故事中的惡魔獸只是他不完整的形態！難怪跟初代動畫的印象有些出入，比較似個心理變態吧！
但丁惡魔獸
等級：究極體97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡDBVzpWo2uo
類型：墮天使型97Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡY3ja7w15Uf
屬性：病毒種
這個才是本故事中登場的惡魔獸真正的形態。初代重製動畫中出現過，由不斷打不死還要進化的惡魔獸進化而成，最後被未完全進化的戰鬥暴龍獸消滅。
根據官方設定，這傢伙精神不太穩定，時而安定時而發瘋。瘋起來會把對手砸個渣都不剩，真由子跟管狐獸真的撿回一條命……
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