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第一部份：

在虛構的二十一世紀，虛擬實境技術已經發展成熟，讓人能以五官感受虛擬世界。同時黑客的門檻亦因此降低。

數碼暴龍—普遍被認為是由黑客編寫而成的電子生命；不同一般電子寵物，牠們擁有自我，同時亦會改變型態。不過這是普遍民眾當中認為是某人太閒而創造出來的、擁有自我的黑客工具。

獅堂未希—一個父親因故失蹤，跟弟弟依靠父親遺留的財產及兼職生活的高中生。因為朋友的拜託而進入互聯網為他搶回某事物，豈料遇上本應出現在傳說中的個體—究極體。之後就被捲入一連串的紛爭之中…

短篇——軒轅界爆：

在數碼獸與人類之間的紛爭平息後，兩個世界之間的距離再次被拉遠。數碼獸亦無法再於人類世界中顯現，但仍有不少數碼獸選擇留在人類的網絡空間之中。

賦予數碼獸進人之力的暴龍機應用亦宛如完成使命一樣從安裝的裝置中消失得無影無蹤，人類只能依靠自已的科技來讓人類與數碼獸連結，並讓他們可以透過與搭檔之間一心同體來進化。

而在這人人都知道數碼獸是隱藏於網絡深處的電子生命體的時代，一位少年與一隻從未見過的白色數碼獸相遇了……

第二部份：

距離人類與數碼獸之間的戰爭已經過去了七年了，幾乎家家戶戶都安裝了智能家居，並讓自家的數碼獸棲息其中，甚至有人與他們發展出商業合作關係，以數據為食讓他們為自已效力。

除了一個人——矢島大吾於七年前遭遇了可怕的事件，這讓他對數碼獸產生恐懼，同時他亦丢失了當時事件的記憶，只有「數碼獸是可怕生物」這印象深深烙印於腦海中。

由於這莫名恐懼，他難以融入現今幾乎每戶都有一隻數碼獸的生活圈子之中。

直到有一天，他遇見了本應從人類世界銷聲匿跡的數碼獸的蹤影……