六十年代的香港盛傳著「大頭怪嬰」的傳說：一名孕婦於西區醫院誕下了一個頭部比正常初生嬰兒大足足三倍，還長滿一頭眼睛的怪物！據說政府於當天即全面封鎖消息，事情就這樣被逐漸淡化下來——相信並沒有人可以想到，這只是種種可怕離奇事情的開端，而非終結……

——大量青少年突然接二連三地離奇失蹤！

——一個到達德學校「撞鬼」的少女自稱穿越時空被怪物所咬，其同行朋友全被怪物活生生吃掉！

——一個科學家在自殺前留給兒子的「字謎密信」揭發「大頭怪嬰」的誕生真相！

……

因此，專門負責調查科學無法解釋的事情的地下組織「香港X-file調查隊」又要開新file了！「香港X-file調查隊」隊員歐陽皓嵐、方逸峰和衛之龍三人背景與性格各異，有時候甚至可以說是各走極端。正因如此，他們查案的方式總是不拘一格，不容易受既定思想困囿。在鍥而不捨的追查及經歷一番艱難的冒險後，他們終於查出了事情的來龍去脈來……