人類在資源枯竭與人口壓力下展開太空殖民，進入新星紀元（Nova Era）。十三座宇宙殖民地陸續建成，象徵人類邁向宇宙時代的希望。然而，地球圈對殖民地的資源掠奪與政治打壓，激起了長期的不滿與反抗。

在 N.E.114 年，第七號殖民地「米爾頓公國」領導反叛，結合其他殖民地組成「米爾頓聯邦」，展開全面獨立戰爭。他們甚至將整座殖民地當作武器拋向地球，摧毀宇宙電梯「巴別塔」與南太平洋基地，造成慘烈災難，宣告「米爾頓戰爭」正式爆發。

這場戰爭席捲整個地球圈與宇宙殖民地，地球多地遭佔領，太空宙域戰火蔓延。無數家庭離散，難民潮四起，宇宙再度成為戰場。在戰爭最終的一年，兩位年輕的駕駛員──羅伊與丹，乘著最後的希望挺身而出，改變戰局，將戰火導向終止。

在 N.E.120 年，戰爭於第一座宇宙殖民地「拉格朗號」畫下句點，簽署停戰協議。然而，這場戰爭所留下的創傷，深深烙印在宇宙與人心之中，也改寫了整個新星紀元的歷史。