雙方誤會解除，火隕刀也已尋回，薑尚青決定立刻返程，秦九朝、伊勢穀美子、伊藤蒼介和崔東健四人隨同回國。
麥娜爾則選擇仍舊留在境外，繼續以和平方式播種“自由”和“選擇”的種子。她向薑尚青承諾，只要有朝一日向“根”組織發起反攻，全球無以計數的【追求者】將不遺餘力給予支持。
歸途中，薑尚青知道了伊勢穀美子等人來克德拉克國的任務：
① 全面調查【追求者】這個民間組織，活捉其首領帶回“根”組織。
② 刺殺克德拉克國境內一支戰鬥力非常凶悍的遊擊部隊現任負責人阿蔔杜勒，之後扶持“根”組織王牌間諜伊藤蒼介成為該遊擊部隊的背後實際控制人，並在克德拉克國實施【二號神之手計劃】，意在將全球一些主要國家拉入戰場。（注：前負責人加麥爾·納賽爾於三年前死於居軍空襲）
③ 全方位扶持“根”組織最年輕的特級研究員秦九朝在克德拉克境內進行秘密實驗。
其中一項實驗內容與薑尚青有關，當年他從亞馬遜叢林帶回來一顆惡魔果實“萊庫緹”，“根”組織從裏面提取了一種疑似可以提升人體力量，並且可以提高人體組織與金屬融合度、減少排斥反應的物質，實驗室命名這種物質為“萊庫緹素”。
由於“萊庫緹”果實總共就只有一枚，提取的“萊庫緹素”數量更是少得可憐，實驗室根據“萊庫緹素”的分子結構人工合成了一批“萊庫緹合成素”，這些“萊庫緹合成素”純度並不高，實驗過程中出現了很多問題，為了找到這些問題的解決辦法，實驗室制定了一系列改進方案，需要進行大規模人體實驗，收集相關數據。
另一項實驗內容則是在戰場中伺機對一些概念性武器進行性能驗證。
隱藏在未知區域的“根”組織總部及五個大區正在有條不紊運行著，某處海域中一島嶼群，亞洲大區東亞基地坐落在這裏，海島地底一千米，處處散發著十八世紀六十年代第一次工業革命時期歐洲城市的調調，在這城市的下方修建有密密麻麻的下水道，下水道既寬且高。
某個匯水處，一簇鮮紅色氣球飄在半空，垂下來的白色絲線上吊著一個人，他整個人懸在半空，垂著頭，打著呼嚕，一只紅色氣球就像鼻涕氣泡一樣在他鼻孔位置隨著呼嚕聲不斷變大、縮小，他是“根”組織亞洲大區東亞基地負責人小醜先生，他此刻是如此愜意，決計想不到一些脫離掌控的事，正在發生……
飛機上，伊勢穀美子靜靜靠在薑尚青肩膀上，美好的時光正在飛逝，她已經知道薑尚青結婚的事兒。
她很傷心，因為新娘不是自己；
她也慶幸，因為薑尚青畢竟還活著；
她也釋然，自從在“根”組織被迫獻身後，就從此不敢再奢望什麼；
她也憧憬，以前身不由己為“根”組織殺了很多人，現在，她只想成為薑尚青的影子，隱藏在黑暗中，遠遠看著心愛之人，默默守護著他的一切，足矣！
她，依舊冷豔；
她，依舊血腥；
她，是一支滿是尖刺的血紅色玫瑰。
龍魂對薑尚青的這次行動非常滿意，不僅成功尋回火隕刀，還意外帶回了幾名前“根”組織成員，並透過兩次【神之手計劃】意識到“根”組織所謀之大太過驚世駭俗，必須將其上升到全球安全的地步進行對待。
伊勢穀美子、伊藤蒼介、崔東健和秦九朝四人被臨時安排在薑尚青老家，也就是三十六名阿瑞姆族少年所在的‘三才觀’。
在這裏，長晶子道長每人給他們發了一本《道德經》，接受正統華夏文化熏陶。
而後的日子裏秦九朝漸漸引起龍魂高層關注，這個三十歲剛出頭的胖子知識儲備之豐富、科研能力之強，震驚了整個749局，749局負責人常經雲力排眾議，軟磨硬泡的將秦九朝成功洗腦，硬是把他弄成了749局的正式在編人員，從此成了領公家工資的國家公務員，而常經雲確實也打算把秦九朝當成接班人來培養。
秦九朝很能幹，沒多久便交上了一份耀眼成績單。他通過對帶回的廢棄手表進行逆向研究，成功開發出一個後門病毒，這個後門病毒可以在龐大的通訊信息中，識別出“根”組織亞洲大區東亞基地的通訊代碼，並避開東亞基地的‘防火牆’以及東亞基地周圍那詭異且強烈的地球磁場活動，從而對通訊信息進行跟蹤。
749局通過這個後門病毒與一個人取得了聯系，這個人就是蕭三笑。由此，龍魂得到了一份“根”組織的重要情報。
情報具體如下：
多年以前，龍魂749局前任負責人的女兒傅婉君是一名考古學研究者，研究方向是西方近現代文物學，傅婉君對此非常著迷，經常通過各種渠道從國外獲取研究資料，那段時間她正在潛心撰寫一篇學術論文，卻在一個深夜於家中神秘失蹤，和傅婉君一起失蹤的還有她的全部研究資料。
所在地的警察同志全員出動仍未尋回傅婉君，由於案件過於詭異且傅婉君父親的特殊身份，龍魂根據上級指示接手了這個案件，由身為龍魂五番隊隊長、內海鎮國使的蕭三笑具體負責。
蕭三笑調查了傅婉君正在撰寫的論文，題目為《二戰後期的希特勒在尋找些什麼》，並根據線索鎖定了一艘已進入外海的外貿貨輪，在成功登上貨輪後找到了傅婉君，此時的傅婉君已經被刑訊逼供折磨得奄奄一息。
他正准備解救傅婉君時被人販子發現，雙方爆發激烈戰鬥，傅婉君在戰鬥過程中被流彈擊中身亡。
人販子中有三人戰鬥力奇高，聯手之下蕭三笑被擊暈，再醒來之時才發現已到了“根”組織亞洲大區東亞基地。
這些年蕭三笑一直在“根”組織蟄伏，並通過傅婉君身前的幾句提示暗暗調查“根”組織由來。
原來，在1938年，當時的希特勒組建了一支探險隊，這個探險小隊的隊長名叫希姆萊，他是希特勒的親信，分別在1938年和1943年奉命兩次到達華夏聖藏地區。
探險隊進入聖藏地區後和一頭霧水的當地領袖進行了短暫交談，就開始對大量當地人展開調查。不僅測量眼距、五官等面部尺寸，還采集了他們的毛發，記錄了眼睛的顏色。然後將一批當地人的臉部輪廓用石膏制成了模型。
聖藏地區地處世界屋脊，海拔高地勢險，山脈縱橫，這支探險隊來這裏到底是為了什麼呢？原來希姆萊有個重要使命，那就是給希特勒搜集尋找遺失在世界上的“神秘力量”和“異能人士”。
希姆萊和希特勒一樣，都是極端的民族主義者。他們鼓吹“雅利安人”是地球上最優秀人種，是傳說中上個人類文明“亞特蘭蒂斯”的主人。
相傳在古希臘文明出現之前，地球上已經存在一塊高度文明的大陸——亞特蘭蒂斯。公元前350年，柏拉圖在他的著作《對話錄》中就對亞特蘭蒂斯就有過描述，他說那裏美麗富足，娛樂設施一應俱全，科技文明高度發達，還出現了可以載人遨遊的飛行器。
但是由於富足的生活太過安逸，這裏的人們逐漸開始墮落。他們極盡奢靡、道德淪喪，激怒了眾神。引發了洪水和地震，將亞特蘭蒂斯永遠地沉入了海底，只留下了大洪水和亞特蘭蒂斯的傳說。
希姆萊和希特勒堅信，傳說中的亞特蘭蒂斯人就是雅利安人的祖先，並稱他們為雅利安神族。
他們描繪那些神族頭發金黃，眼睛湛藍，鼻梁高挑，臉蛋修長，反應敏捷，具有超能力。由於大洪水的襲擊，那些雅利安神族被迫逃離，並且分成了兩支，一支在今天的印度海域附近登陸，而另一支在高加索附近登陸，成為今天雅利安人的祖先。
而且由於從亞特蘭蒂斯逃出的雅利安神族人口非常稀少，為了繁衍，他們不得不和普通民族雜交，結果卻失去了神力。
但是希特勒堅信，後天通過選擇性繁殖的手段，就能重新獲得亞特蘭蒂斯人的神力，從而打造出一支無敵的雅利安神族部隊。
不得不承認，希特勒是相信這個傳說的，所以他付諸了實踐。
在希特勒的命令下，希姆萊組建了一支叫做黨衛軍的隊伍，這支部隊招收條件嚴苛，只招身高在五英尺九英寸以上，金發碧眼，受過良好教育且具備純正雅利安血統的年輕人。
而在選拔軍官時，第一個最基本的要求就是能證明自己的家族自1750年起就沒有和外族通過婚。
1938年希姆萊帶領著這些精心挑選的純種年輕人組建了一支探險隊浩浩蕩蕩地遠赴聖藏，希望在聖藏尋找到先祖的痕跡。通過一番調查，他們認為，聖藏也存在血統純正的雅利安人。除此之外，他們還發現在聖藏傳說中有一個神秘洞穴——沙姆巴拉。
相傳，在這個洞穴內部，蘊藏著一個擁有無窮能量的地球軸心，進入沙姆巴拉的人，會受到神秘力量保護，變得刀槍不入，並且能夠做到任意控制時間和空間，但這個洞穴沒有被人找到過。8月份，探險隊伍帶著在聖藏的見聞回到德國，並把一系列經曆整理成紀錄片。
1942年底，百萬德軍在斯大林格勒戰役中慘敗，為了扭轉乾坤，希特勒苦思冥想，這時，他想到了傳說中的神秘力量——地球軸心，於是他派遣了一支由海因裏希·哈勒率領的五人小隊再次來到聖藏地區。
可是，還沒等找到地球軸心，希特勒的帝國夢破碎，不甘心的他選擇自殺。而當初的探險小隊在經曆了7年之久的聖藏之旅後，也僅僅剩下了兩個人。
二戰結束後，納粹政府的大量機密資料被美蘇等國帶走，1938年的聖藏探險紀錄片在1945年的科隆大火中不幸被焚毀，而第二批探險小隊在1951年返回奧地利時，攜帶的大量資料全部被他國政府沒收，並認定為最高機密，根據相關法規，這些機密可能會在2044年解除保密狀態正式公布出來。當然，也有可能永遠地塵封在曆史塵埃裏。
以上是真實曆史事件，而根據蕭三笑的暗中調查，1942年希特勒在派遣海因裏希·哈勒率領的5人小隊進入聖藏地區尋找地球軸心的同時，還派遣了另外一支12人的小隊進入南極，這支南極探險隊的領隊姓名已經不可考，但查到他的代號為“3號眼睛”。
南極探險隊進入南極後具體做了什麼已經不知道，他們從此消失在曆史長河中，不過可以確定一點，那就是“根”組織與“3號眼睛”率領的南極探險行動有著密切聯系。
二者具體是如何關聯，蕭三笑還沒有調查清楚，根據他推測，“3號眼睛”應該找到了上個人類文明亞特蘭蒂斯的線索，而從“根”組織亞洲大區東亞基地負責人的詭異能力來看，“根”組織極有可能與遺失的亞特蘭蒂斯文明有關。
恰好傅婉君的研究似乎找到了“根”組織的一些蛛絲馬跡，所以才會被盯上。
“根”組織在組織上采用“總部&大區”制，即一個總部管理五個大區，分別是歐洲大區、美洲大區、亞洲大區、非洲大區、大洋洲大區。其中亞洲大區由於人口眾多又設了兩個基地，即東亞基地和南亞基地，每個基地都相當於其它一個大區的規模，級別上也等同。
“根”組織總部地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.01，能力不詳；
歐洲大區地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.02，能力不詳；
美洲大區地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.03，能力不詳；
大洋洲大區地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.04，能力不詳；
非洲大區地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.05，能力不詳；
亞洲大區南亞基地地理位置不詳，負責人代號ATB—NO.06，能力不詳；
亞洲大區東亞基地地理位置不詳，周圍有強烈且詭異的地球磁場活動。東亞基地負責人代號ATB—NO.07，本名巴姆，外號小醜先生，能力為具有巨大爆炸當量的紅色氣球，身體由未知金屬打造，戰鬥力極其強悍。
科技方面，“根”組織有專門的研發機構，統稱為實驗室，目前已知科技有：
① 蚊子監控機器人，大小與普通蚊子無異，因制作材料通訊性能限制，只能用於短距離監控，應用場景方面主要用於基地上方海島的外圍監控。
② EMR仿生醫療機器人，仿生對象為“鷹”，主要功能是為戰場傷員提供及時救助方案，具有一定攻擊性。
③ 改造人，這是“根”組織很少出動的一股恐怖力量，隸屬於實驗室，數量不詳，改造人的四肢和身體不同程度被換裝上了具有高科技性能的金屬材料，戰鬥力非常強悍。同時，部分改造人還擁有金屬機甲，進一步增強改造人戰鬥力。
④ 大規模殺傷性武器及核武器擁有情況不詳，不過以“根”組織的科技實力，不排除已經擁有兩種武器的可能性，甚至擁有遠比外面世界認知範圍內還要強悍的武器。
戰略目的方面，“根”組織致力於推動全球進入第三次世界大戰，更深一層次的戰略目的不詳。
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