以瑟雷迪為首的恐怖事件結束三年後，瀨名新回到重建的神威大門統合學園，這次他將不是學園的學生，而是收到校長的邀請以『LBX戰鬥指導員』的身份回歸。
然而，他的回歸不單單如表面上簡單......

只要這個世界還存在利用LBX製造恐慌的人，故事便不會結束。