東京鐵塔上，三個不相識的女孩在一道強光下，突然掉在半空中。
名為古列夫的魔導師告訴女孩們説，只有成為魔法騎士拯救錫菲羅，她們才能回到原來的世界。
錫菲羅是個充滿意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。錫菲羅的世界架於一個所謂“支柱”結構上，在支柱“艾美諾公主”祈禱下，世界一片祥和。
她們在任務之中遇到了相當多的敵人和磨難，也使她們三人的感情越來越好。
但真正的內幕是：
艾美諾愛上了神官謝加圖，支柱是不能有私心的。而謝加圖，也只想保護心愛的人。所以艾美諾選擇自我毀滅為解脱。
艾美諾真正的願望是希望魔法騎士殺了她，來成全她和謝加圖。完成了公主的願望後，三人便一起回到現實的世界。可是事情並未因此而結束，失去支柱的錫菲羅慢慢步入崩潰。這個時候魔法騎士決定再次到錫菲羅幫忙。小光時常夢見露華和迪波妮亞(新的敵人)。這表示有不好的預感。這時有三個國家知道錫菲羅失去支柱的消息，紛紛都來進攻錫菲羅以奪取支柱的系統。
謝加圖之弟藍提斯及其好友伊格爾懷着各自的目的，探求“支柱之路”的秘密。
成為“支柱”，不允許愛上任何人，註定孤獨一生，只能為了這個世界的幸福日夜祈禱，然而，又有誰、又有誰來守護這個少女的幸福，又有誰為這個少女而祈禱？支柱，這個殘酷的制度到了該終結的時候，維護這個世界的幸福是所有人的責任。
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