每次角色要回復"YES"的時候，我都在想應該打甚麼
日文的"はい"和"ええ"，動漫看久了還是能聽出些許差別的

"對"、"是"、"好"、"嗯"等等，我還真的不知道要用哪個比較好

我自己是不喜歡用"是"，因為我覺得他是一種上對下的絕對服從，很容易讓我聯想到報告班長的樣子
但"對"又讓我覺得有攻擊性，吵架的時候你會喊"對對對"去強化自己的正當性而不是"是是是"
用"好"我也覺得奇怪，他是一種肯定沒錯，但是一種"接收"的肯定
比"好"更貼切的"嗯"又太口語化了。

如果是"是的"、"是阿"，我還可以自己解釋一個是有熱情的回應，另一個是大牛比較懶
但今天如果是"對阿"、"是啊"兩個做比較，我就會蛤？？？整個黑人問號

我承認去比較這種事情蠻蠢的，但我就是會寫著寫著開始糾結這個

我自己是這樣用

「是的」：對上下級/前輩
「好的/是啊/對啊」：對不熟平輩/相熟前輩
「嗯嗯/好哦/好喎」：友人

大概是這樣，不過主要是看語境來分敬語，客氣平語和隨意語氣

其實你自己在問題描述裡已經講出答案了
就是因應劇情、角色去使用

既然你說「是」有上對下的感覺，那就用在身分階級明確的地方
「好」你覺得有接收的感覺，那就用在對方提出要求的時候
「嗯」你覺得口語化，那可以用在比較輕鬆隨意的回應上

至於「啊」，這本來就帶有更強烈的語氣暗示，因此「是」、「是啊」你覺得容易分辨是正常的
「對啊」、「是啊」，這兩個回應大多情況是通用的，你硬要去比較，自然容易黑人問號

例如：
Ａ：「這事是你幹的嗎？」
Ｂ：「對啊」、「是啊」
如果是你，你會選哪一個呢？

或許你會感到疑惑的，是這種例子：
Ａ：「你覺得這事是他幹的，對嗎？」
Ｂ：「對啊」、「是啊」
這裡你選哪個呢？

我自己的話，會直覺地用「對啊」而不是「是啊」
因為對方問「對嗎？」所以回答「對」

你可以想想看，感覺一下差異